Etant donné les enjeux écologiques, les grandes orientations de gestion qu'il convient de mettre en oeuvre suivent les enjeux suivants [extrait DOCOB "Vallée de la Bresle" - 2008] :
Cet enjeu est prioritaire. Il doit amener la définition d'un ensemble d'objectifs de gestion aboutissant à une série de mesures favorisant le maintien de la biodiversité d'intérêt européen sur le site. Cette stratégie passe par une connaissance plus fine des richesses du site. Pour cet enjeu, de nombreuses actions sont préconisées comme par exemple :
- la mise en œuvre systématique de programmes pluriannuels de restauration et d’entretien de la végétation des bords de cours d’eau par exemple comme des milieux forestiers
- l’aménagement d’ouvrages hydrauliques par arasement, mise en place de passe à poissons etc… pour permettre aux poissons migrateurs d’effectuer leur cycle biologique dans de bonnes conditions,
- la restauration et l’entretien de la ripisylve,
- la restauration des prairies ou de bandes enherbées en bordure de cours d’eau
- la gestion extensive des prairies,
- la mise en place de clôtures pour éviter le piétinement et l’effondrement des berges,
- la lutte contre les espèces invasives qu’elles soient animales ou végétales : suivi des populations de rats musqués et ragondins…,
- la pose d’éléments destinés à diversifier les milieux aquatiques (épis,…),
- le suivi scientifique des poissons migrateurs,…
Enjeu n°2 : la restauration du fonctionnement naturel de l'hydrosystème Bresle et de la bonne qualité de ses eaux (souterraines comme superficielles)
Il s'agit d'un enjeu fondamental. Un ensemble d'objectifs sur le site devra permettre à la Bresle de retrouver une certaine « naturalité » de 
fonctionnement notamment en favorisant la reconquête d’anciens bras de la rivière et la libre circulation des espèces dans le lit de la Bresle. Pour cet enjeu, plusieurs actions sont préconisées comme :
- la restauration des prairies ou de bandes enherbées en bordure de cours d’eau
- le maintien des zones humides remarquables de la vallée,
- la gestion extensive des prairies avec une limitation/absence d’apports fertilisants sur les habitats d’intérêt communautaire,
- l’entretien des prairies remarquables par fauche à pied…
Enjeu n°3 : la cohérence des textes et outils de gestion s'appliquant à la Bresle
La directive « habitats, faune, flore » apparaît pour beaucoup comme un texte supplémentaire venant s'ajouter à l'ensemble des plans, lois, codes replica orologi italia et autres règlements ou programmes d'actions sur la vallée ou à venir (SAGE, PPRI ?). Des mesures devront être prises pour garantir l'harmonisation de ces différents documents.
Cet enjeu ne fera pas appel à un ensemble de mesures aboutissant à des contrats Natura 2000.
Enjeu n°4 : la gestion de la fréquentation du site / la communication auprès du public
La vallée de la Bresle et plus particulièrement ses coteaux, attire une population importante. La large adhésion de ce public à la démarche Natura 2000 ne peut être acquise que par une politique active de sensibilisation au patrimoine exceptionnel qu'elle constitue. Le document d’objectifs devra donc s'attacher à définir des objectifs opérationnels de communication et de sensibilisation de la fragilité de certains milieux (pelouses calcaires). Pour cet enjeu, plusieurs actions sont préconisées dans le DOCOB comme par exemple ; la sensibilisation à la préservation des espèces de la directive « habitats, faune, flore »,…
Ces différents enjeux pourront présider à la définition des objectifs de gestion et des principales mesures envisageables sur le site. La mise en place de mesures de gestion adaptées aux enjeux permettra d’atteindre ces objectifs. Cette mise en place peut se faire sous différentes formes dont les contrats Natura 2000. Pour atteindre un objectif, il peut être nécessaire de mettre en œuvre plusieurs mesures de gestion comme une même mesure peut répondre à plusieurs objectifs.
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